张佩珩  正高级工程师  

研究方向:

所属部门:高性能计算机研究中心

导师类别:硕导计算机系统结构

联系方式:zph@ncic.ac.cn

个人网页:

简       历:

20191月—至今:中国科学院计算技术研究所苏州智能计算产业技术研究院 副院长

20171月—至今:中国科学院计算技术研究所 系统结构部 总工

20119月—201612月:中国科学院计算技术研究所 高性能计算机研究中心 主任

20058月—20119月:国家智能计算机研究开发中心 副主任

19963月—200512月:国家智能计算机研究开发中心工作,199912月起任高级工程师,20013月起任智能中心硬件组组长,200511月起任正研级高级工程师

19897月—19963月:交通部科学研究院工作,19948月起任助理研究员

 

200512月—20076月:美国特拉华大学计算机体系结构与并行系统实验室,国家公派访问学者

20009月—20056月:中国科学院计算技术研究所研究生,获工学硕士学位

19859月—19897月:南开大学电子科学系微电子专业学习,获理学学士学位

主要论著:

1.????? Yanzhen Gao, Jing Xing, Zheng Wei, Jie Ma, Xiaozhen Bao and Peiheng Zhang, STrieGD: A Sampling Trie Indexed Compression Algorithm for Large Scale Gene Data, NPC 2018: 15th Annual IFIP International Conference on Network and Parallel Computing, Muroran, Hokkaido, Japan, Nov. 28-Dec. 1, 2018

2.????? Hao Chi, Chao Liu, Hao Yang, Wen-Feng Zeng, Long Wu, Wen-Jing Zhou, Rui-Min Wang, Xiu-Nan Niu, Yue-He Ding, Yao Zhang, Zhao-Wei Wang, Zhen-Lin Chen, Rui-Xiang Sun, Tao Liu, Guang-Ming Tan, Meng-Qiu Dong, Ping Xu, Pei-Heng Zhang & Si-Min He, Comprehensive Identification of Peptides in Tandem Mass Spectra Using An Efficient Open Search Engine, Nature Biotechnology Volume 36, Pages 1059–1061 (2018). doi: 10.1038/nbt.4236

3.????? Zhang Peiheng, Bu Dongbo, Xiong Jin, & Tan Guangming (2016). Deep Sequencing Big Data Oriented Computing Model and Architecture Research. Science & Technology Innovation Herald.

4.????? Guangming Tan, Chunming Zhang, Wen Tang, Peiheng Zhang, Ninghui Sun, Accelerating Irregular Computation in Massive Short Reads Mapping on FPGA Co-processor. IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems ( Volume: 27 , Issue: 5 , May 1 2016 )

5.????? Tan, G., Zhang, C., Wang, W., & Zhang, P. (2015). Superdragon: A Heterogeneous Parallel System for Accelerating 3D Reconstruction of Cryo-electron Microscopy Images. ACM Transactions on Reconfigurable Technology & Systems, 8(4), 1-22.

6.????? 汤文, 张春明, 谭光明, 张佩珩, & 孙凝晖. (2014). 基于定制协处理器的基因重测序加速技术研究. 计算机研究与发展, 51(9), 1980-1992.

7.????? Tang, W., Wang, W., Duan, B., Zhang, C., Tan, G., & Zhang, P., et al. (2012). Accelerating Millions of Short Reads Mapping on a Heterogeneous Architecture with FPGA Accelerator. IEEE, International Symposium on Field-Programmable Custom Computing Machines (Vol.282, pp.184-187). IEEE Computer Society.

8.????? Wang, W., Duan, B., Tang, W., Zhang, C., Tang, G., & Zhang, P., et al. (2012). A Coarse-Grained Stream Architecture for Cryo-electron Microscopy Images 3D Reconstruction. ACM/SIGDA, International Symposium on Field Programmable Gate Arrays, FPGA 2012, Monterey, California, Usa, February (pp.143-152). DBLP.

9.????? Wang, W., Tang, W., Li, L., Tan, G., Zhang, P., & Sun, N. (2012). Investigating Memory Optimization of Hash-index for Next Generation Sequencing on Multi-core Architecture. Parallel and Distributed Processing Symposium Workshops & Phd Forum (Vol.18, pp.665-674). IEEE.

10.?? Li, L., Li, X., Tan, G., Chen, M., & Zhang, P. (2011). Experience of parallelizing cryo-EM 3D reconstruction on a CPU-GPU heterogeneous system. ACM International Symposium on High PERFORMANCE Distributed Computing, HPDC 2011, San Jose, Ca, USA, June (pp.195-204). DBLP.

11.?? 李兴建, 李临川, 谭光明, & 张佩珩. (2011). 冷冻电镜三维重构在cpu-gpu系统中的并行性. 华中科技大学学报:自然科学版, 39(z1), 115-119.

12.?? Wang, W., Duan, B., Zhang, C., Zhang, P., & Sun, N. (2010). Accelerating 2D FFT with Non-Power-of-Two Problem Size on FPGA. International Conference on Reconfigurable Computing and FPGAs (pp.208-213). IEEE Computer Society.

13.?? Wang, W., Zhang, P., & Liu, X. (2009). Short Read DNA Fragment Anchoring Algorithm. BMC Bioinformatics, 10 Suppl 1(1), S17.

14.?? Jiang, X., Liu, X., Xu, L., & Zhang, P. (2007). A Reconfigurable Accelerator for Smith–Waterman Algorithm. Circuits & Systems II Express Briefs IEEE Transactions on, 54(12), 1077-1081.

15.?? Zhang, P., Tan, G., & Gao, G. R. (2007). Implementation of the Smith-Waterman Algorithm on a Reconfigurable Supercomputing Platform. International Workshop on High-Performance Reconfigurable Computing Technology and Applications, HPRCTA 2007, held in Conjunction with Sc07, Reno, Nevada, USA, November (pp.39-48). DBLP.

16.?? Jiang, X., Zhang, P., & Liu, X. (2007). Survey on Index Based Homology Search Algorithms. The Journal of Supercomputing, 40(2), 185-212.

17.张楠, 张佩珩, 刘新春, & 江先阳. (2006). 基于FPGADDR SDRAM控制器设计与实现. 计算机工程与应用, 42(24), 87-90.

18.?? 吴冬冬, 杨晓君, & 张佩珩. (2006). 一种FPGA的远程系统升级方法. 计算机工程与应用, 42(18), 86-88.

19.?? 江先阳, 刘新春, 张佩珩, 孙凝晖, & 徐志伟. (2006). 计算密集型体系集成ddr sdram控制器设计. 计算机工程与科学, 28(3), 96-97.

20.?? Lin, X., Zhang, P., Bu, D., & Feng, S. (2005). To Accelerate Multiple Sequence Alignment Using FPGAs. Eighth International Conference on High-Performance Computing in Asia-Pacific Region (pp.5 pp.-180). IEEE.

21.?? Liu Xinchun, Zhang Peiheng, & SUN Ninghui. (2005). The Architecture of A Specific Chip for RNA Secondary Structure Prediction. Journal of Electronics (China), 22(3), 281-287.

22.?? 高文学, 刘涛, 张佩珩, & 孙凝晖. (2005). 总线式通用串行总线复用器. 科学观察(4), 39-39.

23.?? 罗海勇, 朱珍民, 郭俊波, 王非, 崔凤江, & 张佩珩等. (2005). 龙芯-1cpu的网络计算机硬件系统设计及实现. 计算机工程, 31(14), 57-58.

24.?? 杨晓君, 张佩珩, 苗彦超, 孙凝晖, & 郭黎利. (2005). 系统域网络适配器设计. 计算机研究与发展, 42(6), 958-964.

25.?? Yang, X., Zhang, P., Miao, Y., Sun, N., & Guo, L. (2005). Design of System Area Network Adapter. Journal of Computer Research & Development, 42(6), 958-964.

26.?? Lin, X., Zhang, P., Bu, D., & Feng, S. (2005). To accelerate multiple sequence alignment using FPGAs. Eighth International Conference on High-Performance Computing in Asia-Pacific Region (pp.5 pp.-180). IEEE.

27.张佩珩, 刘新春, & 江先阳. (2005). 一种面向生物信息学的可重构加速卡的设计与实现. 计算机研究与发展, 42(6), 930-937.

28.?? Yang, X., Guo, L., Zhang, P., & Sun, N. (2004). Design of System Area Network Interface Card Based on Intel IOP310. Embedded Software and Systems. Springer Berlin Heidelberg.

29.?? 安学军, 张佩珩, 高文学, & 吴冬冬. (2003). 基于ux8交换芯片的机群互连网络设计. 微电子学与计算机, 20(7), 43-47.

30.?? 张佩珩, 安学军, & 高文学. (2003). 面向机群互连网络的智能网卡设计. 计算机工程与应用, 39(28), 148-150.

【专利】

1.????? 一种光神经元结构和包含该结构的神经网络处理系统,已公开,CN201811532813,臧大伟、陈灿、刘元卿、沈华、谭光明、张佩珩、孙凝晖

2.????? 一种针对基因数据的取样字典树索引的压缩方法和系统,已公开,CN201811427459,高艳珍、包小圳、邢晶、魏征、霍志刚、马捷、张佩珩

3.????? 一种用于可调谐光装置的控制装置与方法,已公开,CN201810795776,元国军、李璐、范日召、谭光明、孙凝晖、王展、邵恩、杨帆、臧大伟、张佩珩

4.????? 一种用于光网络的拓扑重构控制方法,已公开,CN201710767900,张少龙、郭嘉梁、元国军、许刚、肖鹏、张佩珩

5.????? 使能单根I/O设备多根共享的适配装置、系统及方法,已授权,CN201510751898,曹政、刘小丽、臧大伟、王展、安学军、张佩珩、孙凝晖

6.????? 一种基于网卡直连的全互连通信方法及装置,已授权,CN201510427329,安学军、李强、曹政、刘小丽、安仲奇、霍志刚、张佩珩

7.????? 一种面向高维度网络的路由器及路由方法,已授权,CN201410319245,邵恩、曹政、刘小丽、刘小兵、安学军、张佩珩、谭光明、孙凝晖

8.????? 一种集成网络路由器的众核处理器系统及其集成方法和实现方法,已授权,CN201410302494,曹政、李强、刘小丽、刘小兵、安学军、张佩珩、孙凝晖、邵恩

9.????? 一种支持I/O功能动态分配的虚拟热插拔系统及其工作方法,已授权,CN201310697592,曹政、臧大伟、王展、刘小丽、安学军、张佩珩

10.?? 一种基板多芯片集成的大端口互连类芯片及实现方法,已授权,CN201310298425,沈华、曹政、孙凝晖、张佩珩、元国军、安学军、游定山、杨佳、解利伟

11.?? 实现分布式I/O资源池化的方法及装置,已授权,CN201310240608,刘小丽、曹政、金堰安、安学军、张佩珩、孙凝晖、王展

12.?? 一种基于PCIe数据交换的通信方法及系统,已授权,CN201310038675,孙凝晖、曹政、刘小丽、安学军、张佩珩

13.?? 一种用于多根共享系统的I/O重映射方法和装置,已授权,CN201210172844,刘小丽、曹政、张佩珩、安学军、孙凝晖、王展、苏勇、刘飞龙

14.?? 一种用于多根共享系统的直接I/O虚拟化方法和装置,已授权,CN201210171920,曹政、刘小丽、张佩珩、安学军、孙凝晖、王展、苏勇、刘飞龙

15.?? 用于多根I/O 虚拟化共享系统的I/O 资源管理方法,已授权,CN201210160593,刘小丽、曹政、安学军、张佩珩、孙凝晖、王展、苏勇

16.?? 多根I/O虚拟化共享方法和系统,已授权,CN201210153862,曹政、刘小丽、安学军、张佩珩、孙凝晖、王展、苏勇、刘飞龙

17.?? 一种支持单根IO虚拟化用户级接口控制装置及其方法,已授权,CN201210096454,曹政、刘飞龙、刘小丽、安学军、张佩珩、孙凝晖

18.?? 具有硬件加速功能的智能以太网卡,已授权,CN200510135496,吴冬冬、张佩珩、孙小涓、杨卫兵

19.?? 一种多IO扩展接口的服务器主板装置,已授权,CN200510066315,解利伟、胡鹏、刘涛、张佩珩、孙凝晖

20.?? 一种片上系统,已授权,CN200410096178,刘新春、张佩珩、江先阳、李晓民、孙凝晖

21.?? 长距离视频图形阵列信号传输装置,已授权,CN200410042720,张佩珩、刘涛、孙凝晖、吴冬冬、鲁常红、钱宇辉

22.?? 基于双8b/10b编码器的16b/20b编码器逻辑实现方法,已授权,CN200410002290,高文学、安学军、杨晓君、苗彦超、吴冬冬、张佩珩

科研项目:

1.20201月~202112月:国家重点研发计划—光互连集成芯片技术项目,担任课题负责人。

2.20191月~202212月:国家重点研发计划—高性能计算机系统研制项目,担任课题负责人。

3.20167月~202012月:中科院先导专项—大规模光子集成芯片,担任“大规模光子集成芯片验证系统”项目负责人。

4.20121月~201612月:973项目—“基于新一代测序的生物信息学理论与方法”,任“面向新一代测序大数据量的计算模型与体系结构研究”课题负责人。

5.20121月~201412月:中科院科技创新交叉与合作团队—“生物信息学与高性能计算”,任团队负责人。

6.20111月~201412月:中科院计算所创新项目—“云计算服务器关键技术研究”,任项目负责人。

7.200810月~20121月:863重大项目—“曙光6000千万亿次高效能计算机系统”,负责总体项目管理,并具体负责硬件系统总体设计。

8.200712月~20125月:中科院重大项目—“面向蛋白质科学的高性能计算研究”,负责总体项目管理,并具体负责硬件系统总体设计、算法可重构逻辑设计。

9.200612月~200812月:863重大项目—“曙光5000A高效能计算机系统”,负责总体项目管理。

10.200512月~20076月:XtremeData Inc. & University of Delaware合作研究项目—“可重构协处理器技术”,负责可重构算法加速研究。

11.200210月~20059月:中科院重要方向性项目—“曙光4000H大规模生物信息处理专用机系统”,负责硬件系统总体设计、算法可重构逻辑设计。

12.200210月~20046月:863重大专项—“曙光4000A高性能计算机系统”,负责硬件系统设计、高速通信网络设计、机群管理系统设计。

获奖及荣誉:

1.2014年度国务院政府特殊津贴专家

2.2013年度国家科学技术进步二等奖(第2名),项目名称:曙光高效能计算机系统关键技术及应用

3.2006年度国家科学技术进步二等奖(第3名),项目名称:曙光4000系列高性能计算机

4.2005年度中国科学院杰出科技成就奖(第3名),项目名称:曙光4000系列高性能计算机

5.2003年度国家科学技术进步二等奖(第8名),项目名称:曙光3000和可扩展并行计算机系统

6.2001年度国家科学技术进步二等奖(第10名),项目名称:曙光2000超级服务器系统