迟浩  副研究员  

研究方向:计算蛋白质组学

所属部门:前瞻研究实验室

导师类别:博导计算机应用技术

联系方式:chihao@ict.ac.cn

个人网页:

简       历:

20169 :中科院计算所,副研究员

20137 20169月:中科院计算所,助理研究员

20069月— 20137月:中国科学院大学,计算机学院,工学博士

20029月— 20067月:吉林大学,计算机科学与技术学院,本科生

http://pfind.ict.ac.cn/people/chihao/index.htm

主要论著:

期刊文章:

[1]Chi, H.#; Liu, C.; Yang, H.; Zeng, W. F.; Wu, L.; Zhou, W. J.; Wang, R. M.; Niu, X. N.; Ding, Y. H.; Zhang, Y.; Wang, Z. W.; Chen, Z. L.; Sun, R. X.; Liu, T.; Tan, G. M.; Dong, M. Q.; Xu, P.; Zhang, P. H.; He, S. M., Comprehensive identification of peptides in tandem mass spectra using an efficient open search engine. Nat Biotechnol 2018.

[2]Chi, H.; He, K.; Yang, B.; Chen, Z.; Sun, R. X.; Fan, S. B.; Zhang, K.; Liu, C.; Yuan, Z. F.; Wang, Q. H.; Liu, S. Q.; Dong, M. Q.; He, S. M., pFind-Alioth: A novel unrestricted database search algorithm to improve the interpretation of high-resolution MS/MS data. J Proteomics 2015, 125, 89-97.

[3]Chi, H.; Chen, H.; He, K.; Wu, L.; Yang, B.; Sun, R. X.; Liu, J.; Zeng, W. F.; Song, C. Q.; He, S. M.; Dong, M. Q., pNovo+: de novo peptide sequencing using complementary HCD and ETD tandem mass spectra. J Proteome Res 2013, 12 (2), 615-25.

[4]Chi, H.; Sun, R. X.; Yang, B.; Song, C. Q.; Wang, L. H.; Liu, C.; Fu, Y.; Yuan, Z. F.; Wang, H. P.; He, S. M.; Dong, M. Q., pNovo: de novo peptide sequencing and identification using HCD spectra. J Proteome Res 2010, 9 (5), 2713-24.

[5] Li, Y.; Chi, H.*; Wang, L. H.; Wang, H. P.; Fu, Y.; Yuan, Z. F.; Li, S. J.; Liu, Y. S.; Sun, R. X.; Zeng, R.; He, S. M., Speeding up tandem mass spectrometry based database searching by peptide and spectrum indexing. Rapid Commun Mass Spectrom 2010, 24 (6), 807-14.

[6]Yang, H.; Chi, H.*; Zhou, W. J.; Zeng, W. F.; Liu, C.; Wang, R. M.; Wang, Z. W.; Niu, X. N.; Chen, Z. L.; He, S. M., pSite: Amino Acid Confidence Evaluation for Quality Control of De Novo Peptide Sequencing and Modification Site Localization. J Proteome Res 2018, 17 (1), 119-128.

[7]Yang, H.; Chi, H.#; Zhou, W. J.; Zeng, W. F.; He, K.; Liu, C.; Sun, R. X.; He, S. M., Open-pNovo: De Novo Peptide Sequencing with Thousands of Protein Modifications. J Proteome Res 2017, 16 (2), 645-654.

[8]Zhou, X. X.; Zeng, W. F.; Chi, H.; Luo, C.; Liu, C.; Zhan, J.; He, S. M.; Zhang, Z., pDeep: Predicting MS/MS Spectra of Peptides with Deep Learning. Anal Chem 2017, 89 (23), 12690-12697.

[9]Liu, M. Q.; Zeng, W. F.; Fang, P.; Cao, W. Q.; Liu, C.; Yan, G. Q.; Zhang, Y.; Peng, C.; Wu, J. Q.; Zhang, X. J.; Tu, H. J.; Chi, H.; Sun, R. X.; Cao, Y.; Dong, M. Q.; Jiang, B. Y.; Huang, J. M.; Shen, H. L.; Wong, C. C. L.; He, S. M.; Yang, P. Y., pGlyco 2.0 enables precision N-glycoproteomics with comprehensive quality control and one-step mass spectrometry for intact glycopeptide identification. Nat Commun 2017, 8 (1), 438.

[10]Bu, S. L.; Liu, C.; Liu, N.; Zhao, J. L.; Ai, L. F.; Chi, H.; Li, K. L.; Chien, C. W.; Burlingame, A. L.; Zhang, S. W.; Wang, Z. Y., Immunopurification and Mass Spectrometry Identifies Protein Phosphatase 2A (PP2A) and BIN2/GSK3 as Regulators of AKS Transcription Factors in Arabidopsis. Mol Plant 2017, 10 (2), 345-348.

[11]Zeng, W. F.; Liu, M. Q.; Zhang, Y.; Wu, J. Q.; Fang, P.; Peng, C.; Nie, A.; Yan, G.; Cao, W.; Liu, C.; Chi, H.; Sun, R. X.; Wong, C. C.; He, S. M.; Yang, P., pGlyco: a pipeline for the identification of intact N-glycopeptides by using HCD- and CID-MS/MS and MS3. Sci Rep 2016, 6, 25102.

[12]Sun, R. X.; Luo, L.; Wu, L.; Wang, R. M.; Zeng, W. F.; Chi, H.; Liu, C.; He, S. M., pTop 1.0: A High-Accuracy and High-Efficiency Search Engine for Intact Protein Identification. Anal Chem 2016, 88 (6), 3082-90.

[13]Zhang, K.; Fu, Y.; Zeng, W. F.; He, K.; Chi, H.; Liu, C.; Li, Y. C.; Gao, Y.; Xu, P.; He, S. M., A note on the false discovery rate of novel peptides in proteogenomics. Bioinformatics 2015, 31 (20), 3249-53.

[14]Fan, S. B.; Meng, J. M.; Lu, S.; Zhang, K.; Yang, H.; Chi, H.; Sun, R. X.; Dong, M. Q.; He, S. M., Using pLink to Analyze Cross-Linked Peptides. Curr Protoc Bioinformatics 2015, 49, 8 21 1-19.

[15]Su, Z. D.; Sheng, Q. H.; Li, Q. R.; Chi, H.; Jiang, X.; Yan, Z.; Fu, N.; He, S. M.; Khaitovich, P.; Wu, J. R.; Zeng, R., De novo identification and quantification of single amino-acid variants in human brain. J Mol Cell Biol 2014, 6 (5), 421-33.

[16]Liu, C.; Song, C. Q.; Yuan, Z. F.; Fu, Y.; Chi, H.; Wang, L. H.; Fan, S. B.; Zhang, K.; Zeng, W. F.; He, S. M.; Dong, M. Q.; Sun, R. X., pQuant improves quantitation by keeping out interfering signals and evaluating the accuracy of calculated ratios. Anal Chem 2014, 86 (11), 5286-94.

[17]Zhao, Y.; Sun, W.; Zhang, P.; Chi, H.; Zhang, M. J.; Song, C. Q.; Ma, X.; Shang, Y.; Wang, B.; Hu, Y.; Hao, Z.; Huhmer, A. F.; Meng, F.; L'Hernault S, W.; He, S. M.; Dong, M. Q.; Miao, L., Nematode sperm maturation triggered by protease involves sperm-secreted serine protease inhibitor (Serpin). Proc Natl Acad Sci U S A 2012, 109 (5), 1542-7.

[18]Yuan, Z. F.; Liu, C.; Wang, H. P.; Sun, R. X.; Fu, Y.; Zhang, J. F.; Wang, L. H.; Chi, H.; Li, Y.; Xiu, L. Y.; Wang, W. P.; He, S. M., pParse: a method for accurate determination of monoisotopic peaks in high-resolution mass spectra. Proteomics 2012, 12 (2), 226-35.

[19]Yang, B.; Wu, Y. J.; Zhu, M.; Fan, S. B.; Lin, J.; Zhang, K.; Li, S.; Chi, H.; Li, Y. X.; Chen, H. F.; Luo, S. K.; Ding, Y. H.; Wang, L. H.; Hao, Z.; Xiu, L. Y.; Chen, S.; Ye, K.; He, S. M.; Dong, M. Q., Identification of cross-linked peptides from complex samples. Nat Methods 2012, 9 (9), 904-6.

[20]Zhou, C.; Chi, H.; Wang, L. H.; Li, Y.; Wu, Y. J.; Fu, Y.; Sun, R. X.; He, S. M., Speeding up tandem mass spectrometry-based database searching by longest common prefix. BMC Bioinformatics 2010, 11, 577.

[21]Ye, D.; Fu, Y.; Sun, R. X.; Wang, H. P.; Yuan, Z. F.; Chi, H.; He, S. M., Open MS/MS spectral library search to identify unanticipated post-translational modifications and increase spectral identification rate. Bioinformatics 2010, 26 (12), i399-406.

[22]Wang, L.; Wang, W.; Chi, H.; Wu, Y.; Li, Y.; Fu, Y.; Zhou, C.; Sun, R.; Wang, H.; Liu, C.; Yuan, Z.; Xiu, L.; He, S. M., An efficient parallelization of phosphorylated peptide and protein identification. Rapid Commun Mass Spectrom 2010, 24 (12), 1791-8.

[23]Sun, R. X.; Dong, M. Q.; Song, C. Q.; Chi, H.; Yang, B.; Xiu, L. Y.; Tao, L.; Jing, Z. Y.; Liu, C.; Wang, L. H.; Fu, Y.; He, S. M., Improved peptide identification for proteomic analysis based on comprehensive characterization of electron transfer dissociation spectra. J Proteome Res 2010, 9 (12), 6354-67.

[24]Jia, W.; Lu, Z.; Fu, Y.; Wang, H. P.; Wang, L. H.; Chi, H.; Yuan, Z. F.; Zheng, Z. B.; Song, L. N.; Han, H. H.; Liang, Y. M.; Wang, J. L.; Cai, Y.; Zhang, Y. K.; Deng, Y. L.; Ying, W. T.; He, S. M.; Qian, X. H., A strategy for precise and large scale identification of core fucosylated glycoproteins. Mol Cell Proteomics 2009, 8(5), 913-23.

[25]Fu, Y.; Jia, W.; Lu, Z.; Wang, H.; Yuan, Z.; Chi, H.; Li, Y.; Xiu, L.; Wang, W.; Liu, C.; Wang, L.; Sun, R.; Gao, W.; Qian, X.; He, S. M., Efficient discovery of abundant post-translational modifications and spectral pairs using peptide mass and retention time differences. BMC Bioinformatics 2009, 10 Suppl 1, S50.

科研项目:

[1] 国家自然科学基金面上项目:新一代从头测序算法设计与应用研究,课题负责人,2015.01- 2018.12

[2] 国家863课题:激光解析基体辅助离子源-蛋白测序仪器,子课题负责人,2014.01- 2016.12

[3] 国家973课题:海量质谱数据的深度解析技术研究,课题第一完成人,2010.1 - 2014.8

[4] 国家863课题:纳电喷雾-串级质谱蛋白测序技术及装置的研制,技术骨干,2014.1- 2016.12

获奖及荣誉: