卜东波  研究员  

研究方向:生物信息学;计算机算法设计与分析

所属部门:前瞻研究实验室

导师类别:博导计算机软件与理论

联系方式:dbu@ict.ac.cn

个人网页:http://www.bioinfo.org.cn/~dbu/

简       历:

2010/07-至今,中国科学院计算技术研究所,前瞻研究实验室,学术主任,研究员 

2006/05-2008/08,加拿大滑铁卢大学,计算机系,访问学者 

2003/07-2010/06,中国科学院计算技术研究所,前瞻研究实验室,副研究员 

2001/01-2003/06,中国科学院计算技术研究所,前瞻研究实验室,助理研究员 

1997/09 2001/01,中科院计算所,博士,导师:李国杰研究员 

1994/09 1997/06,中科院计算所,硕士,导师:白硕研究员 

1990/09 – 1994/06,山东大学,计算机系,学士 

个人主页:http://bioinfo.ict.ac.cn/~dbu/

主要论著:

期刊文章: 

[1]Chao Wang, Yi Wei, Lupeng Kong, Shiwei Sun, Wei-Mou Zheng, Dongbo Bu*Constructing effective energy functions for protein structure prediction through broadening attraction-basin and reverse Monte Carlo sampling BMC Bioinformatics, 2019 通讯作者 

[2]Jianwei Zhu, Sheng Wang, Dongbo Bu*, Jinbo Xu*Protein threading using residue co-variation and deep learning Bioinformatics, 2018, 34(13): i263~273 通讯作者 

[3]Jianwei Zhu, Haicang Zhang, Shuai Cheng Li, Chao Wang, Lupeng Kong, Shiwei Sun, Wei-Mou Zheng, Dongbo Bu*Improving protein fold recognition by extracting fold-specific features from predicted residue–residue contacts Bioinformatics, 2017 Dec, 33(53): 3749~3753 通讯作者 

[4]Hong Liu#, Maozhen Han#, Shuai Cheng Li, Guangming Tan, Shiwei Sun, Zhiqiang Hu, Pengshuo Yang Rui Wang, Yawen Liu, Feng Chen, Jianjun Peng, Hong Peng Hongxing Song, Yang Xia, Liqun Chu, Quan Zhou, Feng Guan, Jing Wu, Dongbo Bu*, Kang Ning*. Resilience of human gut microbial communities for the long stay with multiple dietary shifts, Gut 2018, DOI: 10.1136/gutjnl-2018-317298. 通讯作者 

[5]Shiwei Sun#, Chuncui Huang#, Yaojun Wang#, Yaming Liu, Jingwei Zhang, Jinyu Zhou, Feng Gao, Fei Yang, Runsheng, Chen, Barbara, Mulloy, Wengang Chai*, Yan Li*, Dongbo Bu*. Toward automated identification of glycan branching patterns using multistage mass spectrometry with intelligent precursor selection [J]. Analytical Chemistry, 2018, 90, 14412-14422. 通讯作者 

专利: 

[1]孙世伟王耀君卜东波李岩黄纯翠刘亚名杨飞武红梅陈润生多级质谱生物大分子结构鉴定方法201510290301.7, 已授权 

科研项目:

[1] 国家自然科学基金面上,31770775,蛋白质残基间相互作用预测算法研究及其在三级结构预测中的应用,60万,在研,主持

[2] 国家重点研发计划子课题,2018YFC0910405,精准医学大数据的有效挖掘与关键信息技术开发120万,在研,参与 

[3] 国家973计划项目课题,2012CB316502、新一代转录组数据处理与网络集成分析的理论与方法、2012/01-2016/09、450万元、已结题、参与 

[4] 国家自然科学基金面上,61272318,蛋白质结构模体识别及结构预测算法研究,2012/01-2016/12,80万,已结题,主持 

[5] 国家自然科学基金青年基金,30800168,基于随机图的蛋白质三级结构预测研究,2008/01-2012/12,20万,已结题,主持 

[6] 国家自然科学基金重大项目子课题,非规范知识处理的关键技术研究, 60496320,2005/01-2009/12, 120万,已结题,子课题负责人 

[7] 国家973计划项目子课题,2003CB71590,基因功能预测的生物信息学理论与应用,2003.1-2007.12,已结题,参与

获奖及荣誉: