张海仓  副研究员  

研究方向:生物信息学;智能药物设计;深度学习算法

所属部门:前瞻研究实验室

导师类别:

联系方式:zhanghaicang@ict.ac.cn

个人网页:https://github.com/zhanghaicang

简       历:

  张海仓,副研究员。中科院计算所取得博士学位,先后曾任字节跳动高级算法工程师,哥伦比亚大学博后科学家。 

  研究兴趣包括生物信息学和深度学习算法。博士研究课题是蛋白质结构预测,设计了clmDCA, COLORSFALCON@home等算法;哥伦比亚大学工作期间主要研究计算基因组学中的经典问题,基因组变异-疾病关系预测,设计了基于图神经网络等模型的MVPgMVP算法,显著提高了基因组变异的可解释性和测序产品的可利用性。 

  研究方向为智能药物设计。致力于发展抗体药物的智能设计平台ProAntibodyAI和一般蛋白质的智能设计平台ProDESIGN。将大规模预训练语言模型、图神经网络、强化学习等模型应用于药物设计的各环节。

主要论著:

1.Hongjian Q, Haicang Z (co-first), et al, Yufeng S. MVP predicts the pathogenicity of missense variants by deep learning. Nature Communications. 2021.  

2.Haicang Z (co-corresponding), Yufeng S. Template-based prediction of protein structure with deep learning. BMC genomics. 2020.  

3.Haicang Z, et al, Dongbo B. Predicting protein inter-residue contacts using composite likelihood maximization and deep learning. BMC bioinformatics. 2019. 

4.Nie L, Liu J, Zhang H, Zhiwei X. On the inapproximability of minimizing cascading failures under the deterministic threshold model. Information Processing Letters. 2016. (读书时曾对computational complexity感兴趣,在该领域留下的唯一论文) 

科研项目:

获奖及荣誉: