张海仓  副研究员  

研究方向:生物信息学;智能药物设计;深度学习算法

所属部门:前瞻研究实验室

导师类别:

联系方式:zhanghaicang@ict.ac.cn

个人网页:https://github.com/zhanghaicang

简       历:

  张海仓,副研究员。中科院计算所取得博士学位,曾任哥伦比亚大学博后科学家,字节跳动算法工程师。主要研究方向为人工智能算法和生物信息(AI药物设计、蛋白质结构预测和精准医疗)。设计了基因组变异-疾病关系预测算法MVPgMVPtMVP,显著提高了基因组变异的可解释性和测序产品的可利用性;开发了蛋白质结构预测算法ThreaderAIFALCON@homeclmDCACOLORS 

  AI药物设计方面,目前致力于发展抗体药物的智能设计平台ProAntibodyAI和一般蛋白质的智能设计平台ProDESIGN。将大规模预训练语言模型、图神经网络、强化学习等模型应用于药物设计的各环节。 

主要论著:

1.Haicang Z, et al, Yufeng S. Predicting functional effect of missense variants using graph attention neural networks. Nature Machine Intelligence. 2022

2.Hongjian Q, Haicang Z (co-first), et al, Yufeng S. MVP predicts the pathogenicity of missense variants by deep learning. Nature Communications. 2021.

3.Haicang Z (co-correspondence), Yufeng S. Template-based prediction of protein structure with deep learning. BMC genomics. 2020.

4.Haicang Z, et al, Dongbo B. Predicting protein inter-residue contacts using composite likelihood maximization and deep learning. BMC bioinformatics. 2019.

 

5.Nie L, Liu J, Zhang H, Zhiwei X. On the inapproximability of minimizing cascading failures under the deterministic threshold model. Information Processing Letters. 2016. 

科研项目:

 

获奖及荣誉: