科研处是所务会领导下的一个执行机构，是所务会有关科研工作决议的执行者和推动者，代表所务会对计算所与科研相关的重大活动进行必要的策划、组织、协调和管理，为科研人员工作的开展提供所需的服务和支撑，规范计算所的科研工作。

　　科研处下设机构包括：学术规划办公室、科研项目（军工）办公室、科研管理办公室（含保密办公室、综合档案室、质量管理办公室）

　　学术规划办公室职责：负责全所科研与学术战略与规划的研究、制定与调整，组织全所春秋两季战略规划会的举办；承担所学术委员会日常工作事务，负责全所所级学术报告的发布、组织与管理；承担全所科技论文和专著的统计、优秀学术论文的评选；负责国际合作和外事管理，包括办理因公出国的手续、国际会议的举办以及其他与国际合作有关的事宜；与科研管理办共同负责每年科学院组织的研究所评估工作等。

　　科研项目（军工）办公室职责： 围绕计算所的科学发展战略及科研规划，负责全所科研项目（含军工）的策划、争取以及军工产品生产的组织管理、产品交付及交付后的跟踪等；负责装备承制单位资格、武器装备科研生产许可证的申请、自查、整改等。

　　科研管理办公室职责：负责科研项目立项到结题的全过程管理；负责全所纵向课题（国家基金委、科技部（含863计划、973计划、科技支撑计划）、科学院、国家其它部委、地方政府等）的申报组织工作；负责课题的合同评审工作；负责除知识产权外的科技成果的管理（包括成果的验收、鉴定、登记、奖励申报等）；负责重点实验室、国家工程实验室与国家工程中心的管理；与学术规划办共同负责研究所评估；负责科技部和科学院的综合统计等。

　　保密办公室职责：负责组织宣传贯彻上级有关保密工作的方针、政策和法律法规；制定和组织落实保密委员会工作计划；开展全所保密日常管理；监督、指导和检查各单位（部门）保密管理工作情况；提出年度保密培训计划和协同人力资源处开展保密教育；监督全所实施各项保密审查审批；完成全所保密档案。

　　综合档案室职责：负责全所综合档案管理，监督、指导实体（部门）各类档案预立卷工作，督促全所各类档案材料归档，完成全所各类档案分类、整理、装订、立卷和数据录入、编目、上架等工作，实现对全所各类档案的规范管理，为全所各项工作提供档案查询、利用服务。

　　质量管理办公室职责：归口管理计算所质量和标准化相关工作。组织质量管理体系的建立、运行和持续改进，组织质量管理相关文件的制定与修改，组织质量管理体系的内外部审核，监督质量管理体系的运行状况；负责重点项目的质量监控与跟踪，组织质量问题的归零处理；负责出所检验、合格证签发及质量证明文件提供；负责重点项目的标准化审查、组织企业标准制定及国家、行业标准的推广应用工作；负责全所质量相关工作的宣传与培训；计算所质量相关工作的外部联络。